بیشتر فیلم‌های مهرجویی سانسور شده‌اند. او احتمالاً تنها فیلمسازی بود که هم در ایران پهلوی و هم در نظام جمهوری اسلامی ایران فیلم‌هایش توقیف شد.برای هشت فیلم فاصلهٔ بین ساخته شدن و اجازهٔ پخش گرفتن فیلم‌های مهرجویی آمده‌است.

فیلم بلندِ مستندِ سینمایی الموت که آن را در سال ۱۳۵۵ ساخت و در مورد اسلام، تشیع و اسماعیلیان است و برای تلویزیون ملی ایران ساخته شده‌بود، هرگز به نمایش در نیامد و گفته شد فیلم گم شده‌است.

در سایتی در برنامه گفت گوی فریدون جیرانی و داریوش مهرجویی پخش شد. که ایشون درباره فیلم

"الموت" صحبت کرد ، گفتن که نزدیک به دو سال روی این فیلم زحمتکشیدن اما این فیلم ناپدید شده و هر چه پیگری کردند به جایی نرسیدند.

آقای ... دیدن ادامه ›› عزت الله انتظامی هم در این فیلم بازی کردند.

ایشون این فیلم رو در سال 1355 که در مورد اسلام و تشییع و اسماعیلیان بوده برای تلویزیون ملی ساختند اما هیچ وقت به نمایش در نیامده و در نهایت هم مفقود شده.

در نهایت داریوش مهرجویی گفت : هر کس این فیلم رو پیدا کنه یه جایزه خیلی خوب بهش میدم.

البته یک سوال برایم هست چرا بجای جایزه گذاشتن ،دوباره این فیلم را نساخت ؟حداقل بعد انقلاب که می‌توانست بسازد!!